Prevádzka destilačnej kolóny si vyžaduje zvládnutie rovnováhy medzi materiálmi, parou-kvapalín a tepelnou bilanciou.
Materiálová bilancia sa týka princípu, že množstvo materiálu vstupujúceho do kolóny za jednotku času by sa malo rovnať súčtu množstiev materiálu opúšťajúceho kolónu. Materiálová bilancia odráža výrobnú kapacitu kolóny a je primárne regulovaná rýchlosťou podávania a hornou a spodnou rýchlosťou vypúšťania. Počas prevádzky sa zmeny materiálovej bilancie špecificky odrážajú na hladine kvapaliny na dne kolóny. Keď sa prevádzka kolóny odchyľuje od celkovej materiálovej bilancie, môže sa to prejaviť v zmenách tlakového rozdielu kolóny. Napríklad, ak viac materiálu vstupuje ako vystupuje, tlakový rozdiel kolóny sa zvýši.
V prípade pevnej destilačnej kolóny by mal byť tlakový rozdiel kolóny v určitom rozsahu. Ak je tlakový rozdiel príliš veľký, rýchlosť stúpajúcej pary v kolóne je príliš vysoká, čo vedie k silnému strhávaniu hmly a dokonca k zaplaveniu, čo narušuje normálnu prevádzku. Ak je tlakový rozdiel príliš malý, rýchlosť stúpania pary v kolóne je príliš nízka, čím sa znižuje účinok prenosu hmoty plynu-kvapaliny na poschodia a dokonca dochádza k úniku, čím sa výrazne znižuje účinnosť poschodí. Zlá kontrola materiálovej bilancie môže viesť k chaotickej prevádzke celej kolóny; zvládnutie materiálovej bilancie je kľúčovým aspektom prevádzky kolóny. Ak sa naruší normálna materiálová bilancia, ovplyvní to ďalšie dve bilancie: plyn{5}}kvapalná bilancia nedosiahne očakávaný efekt a tepelná bilancia bude tiež narušená a je potrebné ju znovu upraviť.
